組織編制：
本局於工程處時期之正式組織規程係於民國卅七年一月核定，內部分課辦事，為工務課、總務課、材料課、會計課四單位。至四十年七月又增置人事管理員掌理人事業務。
並先後於民國四十五年、四十八年、六十年、六十五年、七十年、七十二年、七十四年、七十九年、八十二年、八十三年數次修正組織規程，而於八十七年一月改制為河川局修正組織規程。並依據組織規程設四課四室、八十八年七月改隸經濟部。依據現行之組織規程，本局設四課四室分別為： 規劃課、工務課、管理課、資產課、秘書室、人事室、 主計室、政風室。
■ 規劃課：
掌理轄區內水文，規劃基本資料測驗，調查及資料之統計分析與管理及河川排水 及海堤治理計劃之規劃事項。
■ 工務課：
辦理海岸，中央管河川，區域排水之防護，堤防新建，水案環境景觀改善復育， 歲修災害搶修復建等工程會勘，測量，設計，監造，品質，檢驗及相關工程行政 。
■ 管理課：
河川，排水，海堤管理，河川海堤區域之勘測，河川地申請種植，使用及違法行 為預防與取締處罰等事項。
■ 資產課：
工程用地，地上物補償，工程用地之取得，公有土地管理，資訊業務，資產管理 等事項。
■ 秘書室：
辦理文書行政，一般事務，出納及研考等其他不屬於各課室之事宜。
■ 人事室：
辦理組織編制，人事任免，獎懲及福利等各項人事業務事宜。
■ 主計室：
辦理歲計，會計，帳務處理等事宜。
■ 政風室：
辦理政風，查察，安全防護等事宜。